故事延续《红色警戒2》的盟军结局：苏联战败，领导人罗曼诺夫被俘，但他的谋士尤里却失踪了。原来，在美苏战争期间，尤里在世界各地秘密部署了自己的精神控制技术，试图控制整个世界。
尤里利用白宫通报会的机会插入图像告诉美国总统杜根，声称他已经建立了一个全球心灵控制者网络，并计划用心灵控制整个地球。其中一台精神控制器部署在旧金山的恶魔岛，即将被激活。
杜根总统立即下令对心灵控制员进行空袭，但所有AV-8B 攻击机均被击落。虽然其中一架坠入了恶魔岛的核反应堆，导致设备缺乏电力而无法启动，但尤里却在其他地方启动了心灵控制器。心灵控制者，结果地球上的大部分人都很快被尤里完全控制了……
苏联军队剧情：
任务一：
在这个关卡中，尤里的新兵会不断上岸，与我们争夺发电厂，所以我们必须派出工程师去修复地图顶部的仓库，并派出动员部队驻守，这样我们才能封锁许多敌人冲向海滩。回到恐龙时代后，立即派遣运输船前往地图左上角的岛屿寻找霸王龙加入我们的队伍。当回到新的时间线时，霸王龙将成为最强的辅助。
任务二：
首先，使用V3导弹车引爆德军三个基地的油桶，确保里面的坦克杀手全部被摧毁。然后抛弃行动缓慢的V3，集结大军，向地图上方移动。到达终点后向左移动，绕过美军基地，直接攻击爱因斯坦实验室。任务可以快点完成，否则时间越长，美军就会修建越多的工事。
任务三：
游戏开始时，将鲍里斯放入防空运兵车中，快速通过基地左侧的桥梁（如果移动缓慢，就会被炸毁），然后沿着地图左侧移动，当你接近目的地时，使用鲍里斯呼叫米格来发送你的想法。炸毁灯塔，从而毫不费力地将整个美军置于其指挥之下。
美军投降后，心灵风暴开始倒计时。美国和苏联军队的攻击重点是尤里的发电厂。一旦能量耗尽，倒计时就会停止，接下来的攻击就很容易了。
任务四：
由于苏军没有棱镜坦克这样的超远程载具，面对大量的尤里克隆人部队将会很头疼。尽量不要在这个关卡中生产像天启这样的大型武器。进攻部队主要是义务兵和矿车。矿车最大的优点就是脸皮厚，不受精神控制。小机枪的伤害值不高，但对付步兵也足够了。
另外，尤里的新兵喜欢占领建筑物作为掩体，因此必须生产几辆V3导弹车来陪伴军队击毁尤里基地附近的建筑物。不要追求消灭所有敌人，尽快将首领罗曼诺夫安全送到机场即可。
任务五：
这个关卡的陆战是非常耗时的。唯一的乐趣就是可以用一大群工程师自杀来控制尤里的巨型石碉堡。如果你想快速进攻，建造一个造船厂，生产一支潜艇舰队，直接前往尤里的基地中心，摧毁他的雷霆潜艇基地。一旦成功，尤里的军队将出售所有建筑物，并将所有部队派往苏联基地。这个时候，我们只需要准备好防御工事，静观其变即可。
任务六：
该关卡没有矿物收藏。你只能依靠手头现有的资金和摧毁尤里的分基地时获得的金钱工具箱。进攻力量以大量宇航员和一批天启坦克为主。对于天启坦克来说，唯一的威胁就是精神控制车和精神控制塔。这个时候就可以交给宇航员来对付，或者聚集天启火力，快速摧毁意念控制车。
对于宇航员来说，最大的威胁自然是加特林机枪。用人海战术战斗是死路一条，只能靠天启坦克来解决。只要灵活运用两只手臂，过关并不难。
任务七：
苏军最后一级绝对是强悍的。除了自己的直属部队之外，尤里还得到了美国和苏联的傀儡军团的协助。每一次的攻击都充满了技巧，让你不知所措。简单地建立防御后，派遣小部队和工程师前往地图右侧的秘密实验室。捕获它后，你将获得建造巨型大炮的能力。另外，左右两侧还有尤里军的回收工厂。如果你摧毁它们，你可以获得可观的资金。
碉堡和巨型大炮可以防御军队，防空车可以攻击基洛夫飞艇。一旦防御工作完成，武装直升机就可以批量生产。一个半到两支队伍（18到24辆车）可以攻击尤里的堡垒。当飞到要塞后面时，中间的一部分会被打掉，剩下的会立即架起来，成为“攻城坦克”，集中火力攻击要塞。只要它掉下来，你就完了！
尤里联军的随机攻击方式（每单位数量大于等于2）：
1.磁暴坦克+自毁卡车
2.天启坦克+V3火箭车+防空运兵车
3.基洛夫飞艇
4、运载辐射工兵的防空运兵车
5.武装直升机
6.雷达站战斗机
7、尤里联军的各种步兵组合
8.蜘蛛
9.天启坦克
10.灰熊坦克+棱镜坦克+多功能步兵车
11.犀牛坦克+磁暴坦克+防空运兵车
2.火箭兵
13. 运载海豹突击队员的运输直升机
美军阴谋：
任务一：
如果你想极速穿越，先把所有的大炮、炼油厂、甚至雷达都卖掉，尽量减少耗电量，这样你只需要占领一座发电厂就可以回到过去。
任务二：
尽快占领附近的建筑物作为掩体。防御工事完成后，扫荡尤里的回收工厂。集齐三位英雄后，将他们塞进战斗堡垒，将他们变成超级坦克，然后率领一队轻型坦克。可以进行大扫除。
任务三：
我们的闪电风暴倒计时比尤里的核弹要短，所以我们优先炸掉地图左上角尤里占领的发电厂。然后使用你手头的坦克攻击基地上方的尤里发电厂。用工程师占领后（对手速有信心的可以直接摧毁），核弹会因威力不足而停止倒计时。
与此同时，尤里将对我们占领的发电厂发动攻击。为了避免部队过度分散，可以用坦克摧毁我们占据的所有发电厂（基地右侧的除外），以减轻我们的防御压力。与此同时，尤里无法再通过占领核电站来重新启动核弹。
由于雷电风暴的倒计时也因电力不足而停止，所以在完成防御后，我应该尽快使用工程师占领地图右下的发电厂。这会给我带来优势。请记住占领基地右侧的机械车间，以自动恢复坦克的生命值。另外，占领基地前的瞭望塔可以打开整个地图。
任务四：
由于资源短缺，游戏开始后，塔尼娅被要求用直升机带着工程师前往地图右侧的油井区域，并要求塔尼娅单独清理防守者。只要工程师占领了一口油井，我们就可以在这里建造工事。在救爱因斯坦之前不要破坏心灵风暴装置，这样我们救完人之后就可以使用它。
任务五：
这个关卡很简单，只要集齐一队棱镜坦克就可以推了。唯一麻烦的是，尤里的新兵喜欢占领建筑物做掩体，一一炸毁是非常耗时的。
任务六：
主要困难是尤里的意念控制汽车和飞碟。前者依靠光棱塔，后者依靠神盾舰（防空、可移动、无法意念控制）。为了增加防御资金，必须尽快占领地图右侧的三口油井。只要完成了防守任务，接下来的进攻阶段就会轻松很多。
任务七：
在苏联防御完成之前不要建造雷达，因为当美军传送过来时，尤里的超级武器也会开始倒计时。另外，只要我们不建立海军，尤里的雷霆号潜艇就不会主动进攻。所以，我们生产了运输船之后，就把造船厂卖掉了。目的是运送工程师到地图右上方的岛屿上占领油井，同时建造采矿厂，可以增加大量资金。
美军抵达后，需要生产大量可以在美国和苏联基地之间穿梭的火箭部队，以防御尤里的飞碟。同时，苏联的核电站和美军的超空间传送器必须迅速建立。如果一切顺利，一小群轻型坦克可以在心灵风暴发动之前传送到尤里的基地，一举摧毁他们的超级武器。
现在尤里的军队已经没有超级武器了，我们就可以稳扎稳打了。防御方面，除了光棱镜塔之外，还必须建造巨炮，因为磁力坦克的射程比光棱镜塔更远。另外，尤里的精神控制车的生命值很高，所以至少需要十五辆棱镜坦克才能发动攻击，否则很容易因为“同类相食”而将它们全部摧毁。
美国和苏联军队成功击败了尤里，两个平行宇宙开始融合。时间回到白宫简报会，场景从原来的尤里变成了复活的卡维里将军，而准备参加庆功宴的坦尼娅却遇到了意想不到的“对手”……
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